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溴类杀菌灭藻剂则可以弥补氯类杀菌剂的主要缺点，HOBr比HOC1杀菌速度快，且适用pH值范围广，尤其适用于碱性范围。溴胺和HOCl杀菌作用相当，因而可用于被NH3污染的系统中，且溴胺比氯胺类化合物容易降解，不易引起二次污染：Br2与Cl2相比不易挥发，杀菌时用量可以减少；Br2对铜及铜合金的腐蚀性比Cl2要小。
(1)能抑制冷却水中几乎所有能引起故障的微生物的活动；(2)应经济实用；(3)如果冷却水系统中有木质构件，则建议使用非氧化性杀菌灭藻剂；(4)选用的杀菌灭藻剂应该能为当地的环境保护部门容许排放；5)应该适用于目标冷却水系统的pH值、温度以及换热器的材质。
检验经臭氧化后细菌的细胞时发现，细菌的细胞因失去了维持生命的细胞质而被破坏。 和氯不同的是，用臭氧作杀菌灭藻剂不会增加水中的氯离子浓度，当冷却水排放时不会污染环境或伤害水生生物，而且臭氧在光合作用下还会分解生成氧。
循环冷却水系统中，有机附着物的形成主要由微生物的滋生所致。在冷却水中，微生物一般是指细菌和藻类。在新鲜水中，细菌和藻类都较少，但在循环水中，由于养分的浓缩富集，水温的升高和光照，给细菌和藻类创造了迅速繁殖的条件。
人们通常把冷却水杀菌灭藻剂分为两大类：氧化性杀菌灭藻剂和非氧化性杀菌灭藻剂。
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