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异噻唑啉酮作为工业冷却水系统中的杀菌灭藻剂是十分有效的。即使在浓度很低(0.5mg/L)时，异噻唑啉酮仍能有效地抑制冷却水系统中各处的细菌、真菌和藻类的生长，故使用异噻唑啉酮作杀菌灭藻剂可以降低冷却水处理的成本。
在某些方面，非氧化性杀菌灭藻剂比氧化性杀菌灭藻剂更有效或更方便。因此，在许多冷却水系统中，常常是非氧化性杀菌剂与氧化性杀菌剂两者联合使用。例如，每天冲击性加氯1～2次，同时每周加非氧化性杀菌剂一次。
许多有机硫化合物杀菌灭藻剂是低毒、水溶和易于使用的。它们对于抑制真菌、黏泥形成菌，尤其是硫酸盐还原菌十分有效。
过去，次氯酸盐多用于小规模生活饮用水的杀菌消毒；近年来，则在循环冷却水处理中也有些应用，但主要用于处理或剥离设备及管道中的黏泥。如使用高浓度的次氯酸钠剥离冷却水系统中的黏泥，就得到了较好的效果。因此，次氯酸盐也是一种黏泥剥离剂。
二氧化氯(Cl02)是一种有效的氧化性杀菌灭藻剂。它的杀菌能力较氯强，杀菌作用较氯快，且剩余剂量的药性持续时间长。它不仅具有和氯相似的杀菌性能，而且还能分解菌体残骸，杀死芽孢和孢子，控制黏泥生长。
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